Благочестивый инок с ревностью проходил равноангельское житие. Неутомимое и беспрекословное выполнение монастырских послушаний, денно-нощные молитвы, строгость поста составляли духовное услаждение его. Митрофану так понравилась обитель, в которой он принял пострижение, что он дал обет окончить и жизнь свою в ней. Но не судил Бог смиренному иноку долго быть в числе братии. Слух о строгом иноческом житии инока Митрофана везде распространился, и слава, которой он всячески избегал, повсюду пронесла его имя. Иноки Космин-Яхромского монастыря и вотчинные поселяне, лишившись настоятеля, неотступно просили духовное начальство о поставлении им духовным отцом и руководителем в иноческой жизни инока Золотниковской обители Митрофана. Смирению его и желанию в безвестности скончать свои дни не нравилось такое избрание, но, покорный воле Божией, он в 1666 году был произведен преосвященным Павлом, митрополитом Сарским и Подонским, в игумена Яхромской обители. Десять лет настоятельствовал святитель Митрофан в этой обители. Возлюбивши благолепие дома Господня, он в первый же год своего игуменства приобрел в эту обитель драгоценно украшенное, большого формата Евангелие, доселе хранящееся в ней. На этом Евангелии находится следующая надпись: «Лета 7174 (1666) марта 25 дня выменяно сие Евангелие Володимерского уезда Пречистой Богородицы и Преподобного отца Космы Яхромского чудотворца при игумене Митрофане, что взят из Золотниковской пустыни; а выменял на казенные деньги»[2]. Потом построил новый пространный храм во имя Всемилостивого Спаса, Нерукотворного Его образа. На стенах этого храма, доселе еще целого, по разным местам находятся надписи, свидетельствующие о деятельном попечении и неусыпном труде святителя Митрофана по устроению этого храма. В 1675 году Святейший Патриарх Иоаким, лично знавший святителя Митрофана как «мужа благоговейного и благодетельного», назначил его игуменом Макарьевского Желтоводского монастыря, тогда великого и знаменитого. В этом монастыре почивают мощи преподобного Макария, основателя обители, и святитель Митрофан с особенной любовью заботился об устроении этого монастыря, глубоко уважая преподобного основателя его. Святитель Митрофан смотрел на преподобного Макария как на образец истинного подвижника. Любовь к преподобному Макарию он засвидетельствовал тем, что перед смертью, принимая схиму, пожелал быть названным в честь этого подвижника Макарием. Внутреннее благоустройство обители и внешнее ее благолепие были постоянными заботами святителя Митрофана. Он устроил в этой обители новую каменную теплую с трапезой и колокольней церковь во имя Благовещения Пресвятой Богородицы. В соборном Троицком храме доселе сохранились писаные по его старанию иконы Спасителя, преподобного Макария, Успения Пресвятой Богородицы, Сошествия Святого Духа и святого Иоанна Предтечи, а в храме преподобного Макария – образ Спасителя с надписью: «1680 года, по обещанию монаха Митрофана». А на вышеупомянутых находятся надписи о написании их в 1679 и 1680 годах «при игумене Митрофане». Патриарх Иоаким с любовью видел в игумене Митрофане инока ревностного к духовной жизни, настоятеля попечительного, мужа опытного в жизни и образовавшего себя усердным чтением полезных книг. Он поручил его надзору соседние обители и храмы для водворения в них благочестивого иноческого жития