Факультет информационных технологий существует с момента основания Университета «Синергия». У истоков факультета стояли доктор экономических наук, профессор, ныне член-корреспондент РАО, ректор Университета «Синергия» Рубин Юрий Борисович и доктор экономических наук профессор Емельянов Александр Анатольевич. Первоначально подготовка ИТ-специалистов велась по двум специальностям: «Информационные системы и технологии» и «Прикладная информатика (в экономике)». Преподавание компьютерных дисциплин обеспечивали кафедры информационного менеджмента, информатики, информационных систем, программирования, математических и инструментальных методов экономики.
