Подобно многим самураям, чьи хозяева сражались на проигравшей стороне в битве при Сэкигахара в 1600 году, Мусаси был ронином (самураем без господина). Он разработал метод ниторю – фехтования одновременно двумя мечами и, по своему собственному свидетельству, вышел победителем в 60 поединках за время своих продолжительных путешествий по Японии. В 1637 году он сражался на стороне сёгуната Токугава при подавлении восстания в Симабара, а в 1640-м стал наставником по фехтованию при семействе даймё Хосокава в Кумамото. Его книга о владении мечом Горин-но сё считается классическим пособием. По легенде, он написал ее в горной пещере в 1643 году и передал своему ученику на смертном одре. Книга состоит из пяти разделов: Земли, Воды, Огня, Ветра и Пустоты – в соответствии с пятью элементами, формирующими Вселенную, по буддийским представлениям. В каждом из разделов описывается один из аспектов фехтовального искусства; раздел Воды, например, повествует об одежде, позах, положении ног и прочих технических деталях, в разделе Огня говорится о взглядах автора на душевное состояние бойца на мечах и т. д.

      Мусаси был также весьма известным художником в стиле суйбоку и каллиграфом. Его изображения орлов, сорокопутов, Хотэя (одного из семи божеств удачи) и Бодхидхармы (патриарха дзэн-буддизма) характеризуются прямолинейностью и остротой линии кисти, отражая его занятия дзэн. Самая известная его картина «Сорокопут» (Кобоку мэйгэги-дзу) выставлена в музее Нагао города Канагава. Свершения Мусаси нашли выражение в массовой литературе, включая пьесу кабуки, написанную Цуруя Намбоку. В современный период история его жизни стала основой бестселлера Ёсикава Эйдзи.