В 1829 г. К.Ф. Рулье поступил в ту же самую Московскую медико-хирургическую академию, в которой его мать 14-ю годами ранее получила звание повивальной бабки. Московская медико-хирургическая академия была тесно связана с Московским университетом, хотя в академии учились люди попроще, и многие – «на казенном коште». Профессора Московского университета преподавали и в медико-хирургической академии, в том числе, например, «русский Кювье» – знаменитый натуралист и палеонтолог Г.И. Фишер фон Вальдгейм, минералог А.Л. Ловецкий, медик и биолог И.Е. Дядьковский и др. Студенты медико-хирургической академии пробирались на лекции популярнейших профессоров Московского университета, среди которых блистали ботаник М.А. Максимович и зоолог И.А. Двигубский – выдающиеся натуралисты, знатоки флоры и фауны России. «Primo nosce patriam, postea viator eris (Сначала познай родину, а потом становись путешественником)», – эту строку из сочинений римского поэта Овидия часто приводил своим слушателям профессор И.А. Двигубский и ею же он закончил свой замечательный труд «Описание и изображения животных Российской империи». К.Ф. Рулье всю свою жизнь считал себя учеником И.А. Двигубского, а своей манерой чтения лекций, по мнению некоторых студентов, сильно напоминал М.А. Максимовича. В общем, один из ближайших учеников К.Ф. Рулье, его преемник по кафедре зоологии Московского университета профессор А.П. Богданов имел все основания сказать: «Рулье был воспитанником Московского университета, вырос под его преданиями».

      Медико-хирургическая академия готовила военных врачей и, окончив ее в 1834 г., К.Ф. Рулье стал младшим лекарем Рижского драгунского полка. Через 2 года ему удалось устроиться к уже упоминавшемуся Г.И. Фишеру фон Вальдгейму на должность «репетитора по кафедре зоологии и минералогии». В 1837 г. К.Ф. Рулье защитил диссертацию по проблемам кровотечения и стал доктором медицины. 28 февраля 1840 г. К.Ф. Рулье был назначен заведующим освободившимися по смерти профессора А.Л. Ловецкого кафедрой и кабинетом естественной истории Московского университета.

      К.Ф. Рулье хорошо знал геологию и минералогию (его вклад в четвертичную геологию и в разработку стратиграфического деления юрского периода не потерял своего значения до сих пор), много занимался палеонтологией. Накопление знаний по сравнительной анатомии и эмбриологии животных, а также бурное развитие палеонтологии сделало идею эволюции в первой половине XIX века буквально носящейся в воздухе. К.Ф. Рулье беззаветно верил в эволюцию органического мира. То, что он не знал реальных механизмов эволюции (К.Ф. Рулье не дожил всего одного года до появления книги Ч. Дарвина «Происхождение видов…»), только прибавляло ему веры. Он был эволюционист до мозга костей и страстно хотел убедить других в справедливости эволюционной идеи.

      Глубокая эрудиция в сочетании с большой эмоциональностью делали К.Ф.