Под руководством опытного старца-инока он научился молиться и плести корзинки для продажи. Добродетельная жизнь Макария, его благочестивые, мудрые наставления привлекли к нему внимание окрестных жителей, и ему пришлось искать уединения в другом месте. Молодой подвижник отправился к преподобному Антонию Великому, отцу египетского монашества, о котором слышал, еще живя в миру. Авва Антоний с любовью принял Макария, который стал его преданным учеником и последователем. Поучаясь духовному деланию, преподобный Макарий жил с Великим Антонием до своего тридцатилетия. Тогда по совету святого аввы Антония, Макарий удалился в дикую, песчаную Скитскую пустыню (в северо-западной части Египта) с редкими ручьями плохой воды, куда добраться можно было только по звездам. Уже в первые годы подвижнической жизни Макария называли отроком-старцем, к которому собралось много ревнителей благочестия.

      В 40 лет он стал настоятелем (аввой) иноков, живших в Скитской пустыне, – тогда он уже имел дар чудотворений и пророчества. Однажды воскресил он мертвого, чтобы доказать еретикам бессмертие души. В другой раз он воскресил мертвого, чтобы узнать, был ли виновником его смерти обвиняемый, и мертвый ясным голосом из гроба признал невинным. Так чудотворец Макарий спас невинно осужденного.