Появление на этом месте Софийского храма связано с переселением в Москву новгородцев в конце XV века. В 1471 году состоялся поход великого князя Ивана III на Новгород Великий, в результате которого последний был подчинен великокняжеской власти. А спустя семь лет Новгородская республика прекратила свое существование, а новгородский вечевой колокол – символ независимости Новгорода – увезли в Москву. Включение Новгорода в состав единого Русского государства было приоритетной задачей Ивана III. В конце XV века великий князь переселил несколько тысяч новгородцев в другие города, в том числе в Москву – в район нынешней Лубянки. Неудивительно, что новгородцы построили в столице церковь во имя Софии Премудрости Божией, которую считали своей покровительницей и утешительницей.

      В переводе с древнегреческого София означает «мудрость». Премудрость Божия – это воплощение Божественного замысла о спасении рода человеческого через Христа. Выдающийся русский философ и богослов B.C. Соловьев так определяет Софию Премудрость Божию: «София есть идеальное, совершенное человечество, вечно заключающееся в цельном божественном существе, или Христе. Раз несомненно, что Бог, для того чтоб существовать действительно и реально,