19 мая руководство Комитетом ненадолго взял на себя новый министр А. Я. Вышинский, заместителями председателя в тот же день стали работники МИД заместитель министра Валериан Александрович Зорин и Чрезвычайный и Полномочный Посол в Греции (а также бывший начальник Разведуправления ВМФ) контр-адмирал Константин Константинович Родионов. Тогда же был введен институт членов Комитета информации[5].1 июня 1949 г. Бюро по выездам за границу и въездам в СССР при СМ СССР передано из КИ в подчинение ЦК ВКП(б) и преобразовано в Комиссию по выездам за границу при ЦК ВКП(б).

      2 августа 1949 г. Вышинский уступил пост председателя Комитета своему заместителю по обоим линиям – МИД и КИ – В. А. Зорину.20 августа был назначен новый первый заместитель председателя КИ – генерал-лейтенант С. Р. Савченко, кадровый чекист, пришедший с поста министра госбезопасности Украины. Он взял на себя фактическое руководство оперативными подразделениями разведки.

      Осенью того же года министр госбезопасности СССР В. С. Абакумов добился возвращения в МГБ минимально необходимых для организации единого контрразведывательного процесса функций работы по эмиграции и обслуживания советской колонии. Приказом МГБ СССР № 00333 от 17 октября 1949 года на базе 2-го отдела КИ и подразделений оперативных Управлений КИ, занятых работой по совколонии было создано 1-е Управление МГБ.

      В марте 1950 г. К. К. Родионов, который несмотря на назначение так и не приехал в Москву и все это время оставался в Греции, был снят с должности заместителя председателя КИ и переведен Чрезвычайным и Полномочным послом в Швецию. Вместо него были назначены два заместителя председателя из числа кадровых сотрудников внешней разведки НКВД – МГБ – генерал-майор П. М. Журавлев и полковник В. П. Рощин. В эти же дни произошли кадровые перестановки в неоперативных подразделениях – секретариате, информационном управлении, отделе кадров, разведшколе и т. д. (подробнее см. ниже). Также в 1950 г.4-й отдел 5-го Управления, занимавшийся научно-технической разведкой, был преобразован во 2-й отдел КИ.

      В апреле 1950 г. решением Политбюро для «взаимной помощи в разведывательной работе против капиталистических государств и клики Тито в Югославии» при разведывательных службах стран народной демократии – Албании, Болгарии, Венгрии, Китая, КНДР, Монголии, Польши и Чехословакии (в ГДР разведка, и, соответсвенно, представительство КИ были созданы позже) – были созданы представительства КИ.

      Подразделениями КИ руководили: