Ang katutubong populasyon ng Philippine Islands ay kinakatawan ng tatlong pangunahing uri ng antropolohikal: ang timog na Mongoloid Malay type (Tagals, Visayas, atbp.), medium-sized, long-headed, straight-haired Mongoloid type, ngunit halos walang epicanthus, conventionally na tinatawag Maagang Indonesian (Ifugao, atbp.), na kinabibilangan ng karamihan ng populasyon ng modernong Pilipinas, at maliit, kulot na buhok na Negroid (Aeta, atbp.). Gayunpaman, ayon sa etniko, ang populasyon ng modernong Pilipinas ay lubhang magkakaiba.
