Понимание топологических принципов биологического синтеза белка и перевод языка синтеза на язык алгоритмов должны позволить на основе моделирования процесса улучшить существующие или разработать новые методы искусственного синтеза необходимых белков, что актуально для фармакологии и биомедицины. В статье рассматривается подход к построению молекулярной векторной машины как конечной машины состояний. Предлагается и обсуждается метафора компилятора ДНК. В качестве возможных направлений развития рассмотрены элементы теории узлов и методы машинного обучения.