В январе 1934 года первый прокурор СССР Иван Алексеевич Акулов отправил докладную записку в ЦК, в тексте которой были приведены вопиющие неоднократные случаи фальсификации следственных дел в органах ГПУ Грузии и Азербайджана, в том числе свидетельствующие о расправе над ни в чем не повинными людьми[22]. В ответ занимавшие руководящие партийные посты в этих республиках (а ранее – руководившие теми самыми органами, так что не могущие быть не в курсе) Берия и Багиров направили встречное письмо Сталину, назвав обвинения ложью и в свою очередь обвинив Акулова в «преднамеренной клевете на Закавказскую Федерацию». Сталин принял сторону Берии – Багирова, и 3 марта 1935 года Акулов был утвержден секретарем ЦИК СССР, а пост прокурора СССР занял его заместитель Андрей Вышинский. 23 июля 1937 года Акулов был арестован, 29 октября Военной коллегией Верховного суда СССР приговорен к расстрелу и через несколько часов казнен (по некоторым данным, это случилось в 1939 году). Акулов был реабилитирован посмертно 18 декабря 1954 года.

      В 1935 году Берия и Багиров начали активно проводить «чистки» в подведомственных им республиках. Своего пика репрессии достигли в 1937–1938 годах. В Азербайджане было уничтожено более ста тысяч человек, многие из которых были представителями интеллигенции, деятелями культуры и ответственными партийными и государственными работниками. По словам историка Йорга Баберовского[23], «с начала лета 1937 г. до осени 1938 г. Азербайджан фактически оказался без управления…». Багировская охота за ведьмами поставила партийно-хозяйственный аппарат Азербайджана на грань саморазрушения и ввергла республику в пучину ужаса. Не случайно именно Берия и Багиров оказались единственными первыми секретарями республиканских ЦК, пережившими террор 1937–1938 годов, и, несмотря на поступавшие на них многочисленные жалобы на творимые беззакония, награждались орденами и поднимались вверх по партийной лестнице. Так, тот же Багиров постановлением пленума ЦК ВКП(б), проходившего 12 октября 1937 года (то есть в разгар «большой чистки»), был переведен из кандидатов в члены ЦК ВКП(б), а 17 января 1938 стал