Внутренние части их тела представляют много замечательного. Их скелет состоит из довольно тонких, но крепких костей, но последние не заключают в себе наполненных воздухом пространств, как у птиц. Строение руки также своеобразное. Плечо, предплечье и пальцы рук чрезвычайно удлинены, в особенности последние три пальца, превосходящие по длине плечевую часть руки. Благодаря этому пальцы являются настолько превосходно приспособленными к расширению натянутой между ними летательной перепонки, насколько негодными для других целей. Только большой палец, не принимающий участия в летании, имеет еще сходство с пальцами других млекопитающих: обыкновенно он состоит из двух суставов, короток и снабжен острым когтем, благодаря которому может заменять животному руку при лазании. Бедренная кость значительно короче и слабее плечевой, и все вообще кости ноги значительно слабее развиты соответствующих костей руки. Нога имеет довольно правильное строение: на ступне находятся пять пальцев с когтями. Но и она имеет свою особенность: от пятки выступает имеющаяся только у одних летучих мышей кость, шпора, которая служит для натягивания летательной перепонки между хвостом и ногой. Таким образом, строение скелета рукокрылых напоминает, с одной стороны, птиц, с другой – допотопных летучих ящериц. Из мускулов заслуживают упоминания необыкновенно сильные грудные мускулы; кроме того, еще один мускул, совершенно отсутствующий у других млекопитающих и приросший одним концом к черепу, а другим – к руке. Назначение этого мускула – помогать расправлять крыло. Зубы имеют сходство с зубами насекомоядных; все роды зубов находятся у рукокрылых в замкнутых рядах, но число и форма их весьма разнообразны, чем и различаются роды их.