Когда Италия объявила о своих территориальных претензиях к Албании, Бадольо пытался убедить дуче, что страна не готова к войне. После поражений в войне с Грецией дуче пытался свалить всю вину на военных, но Пьетро Бадольо честно заявил, что истинной причиной поражений является бездумная политика Муссолини. Это и решило судьбу маршала. В начале декабря 1940 года Бадольо вышел в отставку, уступив пост начальника Генерального штаба Уго Каваллеро. После разгрома итало-германских войск под Эль-Аламейном, потери Ливии и одновременно гибели 8-й армии под Сталинградом в элите стал зреть заговор против Муссолини и в пользу подписания мира со странами антигитлеровской коалиции. Один из такого рода заговоров возник среди военных, причем Бадольо считал необходимым смещение не только Муссолини, но и короля, как скомпрометировавшего себя связью с фашизмом. Однако король Виктор Эммануил сам присоединился к заговорщикам. По его поручению герцог Акварона установил контакт с маршалом Бадольо, который, по мнению короля, как никто другой подходил на должность нового главы правительства. 10 июля 1943 года союзники начали высадку на Сицилии. 15 июля Пьетро Бадольо сформировал «запасной» кабинет правительства. 25 июля 1943 года Муссолини был смещён и арестован. В этот же день Бадольо был назначен главой правительства. Благодаря ему состоялись мирные переговоры между Италией и союзниками, в июле 1943 года в Лиссабоне, которые затем продолжились на Сицилии, где 3 сентября 1943 года были подписаны условия безоговорочной капитуляции. Однако 8 сентября Италия была оккупирована немцами. 13 октября 1943 года под руководством Бадольо Италия объявила войну Германии. В первый период участия Италии в войне на стороне союзников в 1943–1944 Бадольо возглавлял правительство Италии, включавшее все антифашистские партии, в том числе Итальянскую коммунистическую партию, лидер которой Пальмиро Тольятти стал