Оно вошло в историю венгерской революции 1848–1849 гг. В саду музея происходили революционные выступления молодежи и народные митинги, а в парадном зале состоялось заседание верхней палаты Государственного собрания Венгрии. Поэт Шандор Петёфи выступал со ступеней главного фасада перед огромными массами народа со своими революционными стихами.

      После поражения национально-освободительной борьбы для Венгрии наступили тяжелые времена, что отразилось и на жизни музея. Все его собрания сначала хотели даже отправить в Вену, а сам музей обложили большими налогами. Но на защиту национального достояния выступила венгерская общественность. Чтобы собрать нужные средства, в парадном зале музея стали давать благотворительные концерты, на одном из которых выступил композитор Ференц Лист.

      Правительство мало заботилось о Национальном музее. Здание постепенно ветшало, а собрания и коллекции не пополнялись. Исключение составляла лишь Картинная галерея, для которой удалось приобрести несколько живописных шедевров. Однако со временем положение стало меняться к лучшему. В собраниях музея накопились уже такие богатства, что некоторые из отделов выделились в самостоятельные музеи. В 1872 г. в рамках Венгерского национального музея был образован самостоятельный Этнографический музей. В том же году от него отделился Музей прикладного искусства. В недрах Национального музея зародился и Музей естественной истории. Его основательницей стала Юлия Фештетич – супруга Ференца Сечени, которая еще в 1808 г. подарила музею свою богатую коллекцию минералов. В 1896 г. на основе части собрания Венгерского Национального музея был создан Художественный музей.