Во время гонений на христиан при императоре Домициане (81–96 гг.) он был арестован и отправлен на суд в Рим. Пребывание Иоанна в столице сопровождалось многими чудесами: он остался жив после принятия яда и погружения в кипящее масло. Передумав казнить святого, император отправляет его в ссылку на остров Патмос, где он записывает видение, именуемое Откровением Иоанна Богослова (Апокалипсис). При римском императоре Нерве (96–98 гг.) он возвращается в Эфес, где и умирает столетним старцем во времена правления уже императора Траяна.

      По одной из средневековых легенд святой Иоанн не умер, а вознесся на небо. Так, по преданию, столетний старец перед смертью повелел семерым ученикам похоронить себя живым, что они и исполнили, не решаясь ослушаться его. Но, узнав об этом, остальные христиане скоро раскопали могилу, но она оказалась пустой. Каждый год, 8 мая, земля в этом месте стала мироточить, и многие прикасавшиеся к ней исцелялись от болезней душевных и телесных.

      Скоро на этом месте была возведена гробница, особо почитавшаяся верующими. А в VI в., на месте кончины апостола, при императоре Юстиниане I была возведена грандиозная базилика, с шестью куполами, внутри которой находилась усыпальница ев. Иоанна. От огромной церкви сегодня сохранились лишь остатки великолепных мозаичных полов и отдельные белоснежные колонны.

      В Эфесе сохранились развалины первой в мире церкви во имя Пресвятой Богородицы. Это руины храма, воздвигнутого в V в. на месте древнеримской базилики, располагавшейся близ бывшей морской гавани. Церковь долгое время была кафедральным собором эфесских епископов, слово которых имело огромный вес в ранней христианской Церкви.

      В Эфесе имеется еще одно место христианского почитания. Это пещера, связанная