Будущий Владыка, в миру Иван Наумович Руднев, родился 18 апреля 1816 г. в семье псаломщика Ливенского уезда Орловской епархии. Он окончил Орловскую духовную семинарию (1839г.) и Киевскую духовную академию (1843 г.). Был смотрителем 2-го Белгородского Духовного училища (30.11.1843г.). Кандидат богословия (29.09.1845г.). Учитель гражданской истории (21.09.1846 г.) и инспектор (06.05.1855) Орловской Духовной семинарии. Иван Наумович Руднев был женат, но, овдовел. В монашество был пострижен в Орловском Спасо-Прилуцком монастыре с именем Ионафан (06.10.1860г.). Его определили ректором Вологодской духовной семинарии и одновременно настоятелем Спасо-Прилуцкого монастыря под Вологдой, с возведением в сан архимандрита (06.10.1860). Позднее – ректор Олонецкой духовной семинарии и архимандрит Свирского Александрова монастыря (31.03.1864 г.). Открытая в 1829 г., семинария, все еще не имела своего здания, и ютилась в одном помещении с Духовным училищем. Архимандриту Ионафану пришлось решать вопрос о его строительстве. В июле 1866 г. архимандрит Ионафан отбывает в город Кинешму уже викарием Костромской епархии, епископом Кинешемским. Хиротония состоялась 4 сентября в Александро-Невской лавре в Санкт-Петербурге. А через три года его назначают епископом Олонецким и Петрозаводским (29.08.1869г.).

      В Петрозаводск Владыка прибыл пароходом накануне праздника «осенней Казанской» и на следующий день совершил первую Божественную литургию в городском соборе. Свою паству Владыка благословил Казанской иконой, прекрасной работы в золотом окладе, которую он подарил храму.

      Епископу Ионафану досталась обширная, но небогатая епархия, которой он управлял с большой заботой и любовью. «В 1870 г. в ней насчитывалось 106 каменных и 323 деревянных приходских храмов…, 5 каменных и почти 1300 деревянных часовен. В 20-ти беднейших приходах, благодаря жертвователям, привлеченным Владыкой, были построены новые церкви с домами для причта и школами» Владыка постоянно совершал поездки по епархии, освящал новые и отремонтированные храмы, служил в отдаленных приходах в дни престольных праздников, говорил проповеди, встречался с паствой.

      В 1872 г. Россия торжественно праздновала 200-летие со дня рождения императора Петра Великого. С размахом прошли праздничные торжества в Петрозаводске. К этому времени завершилось строительство кафедрального собора и здания Олонецкой духовной семинарии. 21 мая новый собор, который строили долгих двенадцать лет всей губернией, Владыка Ионафан освятил в честь и славу Воскресения Христова (позднее, в 1875 г., его переосвятили в честь Святого Духа). А 30 мая была освящена семинария. После капитального ремонта освятили и древний Петропавловский собор, построенный, по преданию, по планам и чертежам самого Петра.

      При епископе