Не сожалел о покинутой вовремя России и сам Калиостро. В 1789 году он вернулся в Италию и решил обосноваться в Риме. Здесь он, как и везде, стал заниматься врачеванием и оккультными науками. Однако он понимал, что подобная деятельность в непосредственной близости от папского престола и инквизиции не вполне безопасна, и потому особенно не усердствовал.

      Главным его занятием в Риме стала организация тайной масонской ложи египетского обряда. В том он не видел для себя большого риска. Но Калиостро просчитался. Пока он не был в Италии, ситуация в корне изменилась. Великая французская революция, которую многие связывали с масонским влиянием, очень напугала духовенство. Так что Калиостро выбрал неудачный момент для своего начинания. И вскоре после приезда он был арестован по обвинению во франкмасонстве.

      Его заточили в замок Сант-Анджело и начали дотошное следствие, а затем и судебный процесс. Причем инквизиторы долго не могли решить, то ли считать Калиостро настоящим магом и, следовательно, человеком, связанным с нечистой силой, то ли судить его как обычного мошенника. В конце концов его обвинили по полной программе. Тому в немалой степени способствовала его жена, чистосердечно рассказавшая судьям обо всем, что знала. А знала она, видимо, немало, что в конце концов повредило и ей самой, поскольку она была приговорена к пожизненному заключению в монастырь, где и скончалась.

      Самого же графа Калиостро приговорили к публичному сожжению. Но в последний момент папа римский заменил смертную казнь пожизненным заключением. Существует легенда, что смягчению приговора в немалой степени способствовал таинственный посланец, который явился в Ватикан и потребовал личной аудиенции у папы, послав ему через кардинала-секретаря некое слово-пароль вместо имени. Папа немедленно принял его, причем аудиенция длилась всего несколько минут. После этого папа тут же отдал распоряжение отменить смертную казнь графа Калиостро.

      7 апреля 1791 года в церкви Санта-Мария на площади Минервы состоялся торжественный ритуал покаяния. Калиостро, босой, в простой рубахе, стоял на коленях со свечой в руках и молил Бога о прощении, а в это время на площади перед церковью палач сжег все магические книги Калиостро и его волшебный инвентарь.