Деревянная церковь Антония и Феодосия и монашеские кельи были построены при преемнике Ионы иеромонахе Мисаиле. Но при военном конфликте 1500—1502 гг. все постройки на Святой горе были разграблены и сожжены. Пещерная церковь уцелела. «Когда же святотатцы стали бесчинствовать в Успенском храме монастыря, вышедший из алтарной части огонь изгнал их из обители» – так освещают этот эпизод монастырские летописцы.

      Опасное соседство с Ливонией длительное время мешало развитию святой обители. Только после присоединения Пскова к Московскому княжеству Иван III, видевший в монастырях поддержку и опору и учредивший на севере и северо-западе множество монастырей, оказал негласную поддержку самому западному православному монастырю. При нем государев дьяк Мисюрь Мунехин начал в обители интенсивные строительные работы, которые вел и за счет государевой казны.

      Игумен Корнилий

      Пало бремя игуменское на двадцативосьмилетние плечи Корнилия, пострижника Печерской обители. С отроческих лет он ушел в монастырь, под началом старца подвизался, свечи скал, дрова рубил и был искусен в письме иконном.

      С детства мать его научила тайной милостыне и любви к странным. Отирая слезы, мать его, боярыня, говаривала, что нездешний он, сынок милый, и родился он после тяжелого лета, когда спустили с Троицкого собора вечевой колокол и плакали по вольной старине псковичи.

      Корнилий отроком обучился рисунку буквенному и письму иконному у старца в Мирожском монастыре. Гусиным пером изучился он выводить букву, трогать рукопись золотом и киноварью15. Приступая к работе, начиная затвор в тишину, становились они на молитву. Один тонок, бледен лицом, другой погорблен и сед.

      Легок пост по средам и пяткам – без пищи. Оттого тонок сон, а устали нет при работе. Старец краску разбавлял святою водою, по заветам