Меркурий является одним из самых труднодостижимых объектов Солнечной системы: чтобы перебраться с околоземной на околомеркурианскую орбиту, нужно погасить значительную часть орбитальной скорости Земли, которая составляет примерно 30 км/с. В настоящее время ни один аппарат не способен на прямой перелёт к Меркурию, и обычно применяется сложная стратегия из многочисленных гравитационных манёвров.

      Траектория «Мессенджера» предусматривала 6 таких манёвров: 2 августа 2005 года аппарат прошёл на высоте 2347 км от поверхности Земли, 24 октября 2006 года состоялся пролёт около Венеры с минимальной высотой 2992 км, 5 июня 2007 года «Мессенджер» ещё раз пролетел вблизи Венеры по верхней границе облаков на высоте 338 км от поверхности планеты.

      Во время первого пролёта около Венеры не было запланировано никакой программы научных исследований, потому что Венера и Солнце находились в верхнем соединении. Во время своего второго пролёта около Венеры «Мессенджер» сделал серию из 50 снимков удаляющейся планеты: первый – находясь на расстоянии 60,6 тыс. км от планеты, последний – на расстоянии 89,3 тыс. км. В течение второго пролёта Венеры «Мессенджер» также провёл совместные работы по изучению поверхности Венеры с европейским космическим аппаратом «Венера-экспресс». Кроме возможности сравнения данных полученных двумя КА, находящимися на разных траекториях и обладающими разными исследовательскими инструментами, эта работа стала для «Мессенджера» проверкой функционирования его научного оборудования.