В годы, предшествующие началу Второй мировой войны, Хёйзинга работает в Международной комиссии интеллектуального сотрудничества, предшественнице ЮНЕСКО. Издает ряд важных трудов по историографии и истории культуры, в том числе и горький, предостерегающий трактат Тени завтрашнего дня. Диагноз духовных бед нашего времени. Своими работами, общественной позицией, всей своей деятельностью Хёйзинга заявляет себя убежденным антифашистом, последовательным противником любого тоталитаризма. Так, в апреле 1933 г. Хёйзинга, занимавший почетную должность rector magnificus, выдворяет из Лейденского университета главу немецкой делегации, уличенного в антисемитской пропаганде. После выхода в свет нидерландского издания Homo ludens сразу же встал вопрос о возможном немецком издании. Однако для этого нужно было исключить место, где говорилось о пуэрилистском характере национал-социалистических массовых мероприятий. Сделать это Хёйзинга отказался, забрал рукопись, и немецкоязычное издание вышло в Швейцарии. В декабре 1944 г. оставшаяся у нидерландского издателя часть второго издания Homo ludens была конфискована полицией – притом что сам Хёйзинга считал эту книгу самым невинным из всех своих сочинений.

      Хотя имя его уже в мае 1940 г. было внесено немецкими оккупантами в список потенциальных заложников, Хёйзинга отказался от сделанного ему в августе предложения эмигрировать в США, ссылаясь на свой долг перед страной и университетом. 26 ноября 1940 г. профессор Рудольф П. Клеверинга (1894–1980) произносит пламенную речь против антиеврейских постановлений оккупационных властей. Занятия в университете прекращены. Профессор Клеверинга арестован. В апреле 1942 г. Хёйзинга подает прошение об отставке. С 1 июля он больше не профессор Лейденского университета, который 26 ноября закрыт окончательно. В августе Хёйзингу отправляют в Синт-Михилсгестел, лагерь заложников, которых немцы выборочно расстреливают после актов саботажа со стороны участников голландского сопротивления. Через три месяца, под давлением научной общественности нейтральных и союзных с Германией стран, заболевшего профессора выпускают, но запрещают пребывание в Лейдене. Остававшийся до 1937 г., более 20 лет, вдовцом, Хёйзинга со второй женой и маленькой дочкой живет в деревне Де Стеег, близ Арнема, в доме, предоставленном ему его коллегой, профессором Клеверингой, за время оккупации дважды находившимся под арестом. Оторванный от своей библиотеки, архивов, по памяти, Хёйзинга пишет краткую историю европейской цивилизации, с течением времени все больше и больше отступающей перед аморальностью и невежеством.