Испанские власти, получавшие треть из конфискованного имущества, не возражали против деятельности инквизиции. За чрезвычайную жестокость доведенные до отчаяния жители Арагона в октябре 1485 года зарезали главного инквизитора Петра Арбуэ. Тут же сарагосские тюрьмы были переполнены узниками, виновными только в критике инквизиции. С трудом, в течение многих лет инквизиция огнем и мечом подавила волнения народа в Сарагоссе, Толедо, Теруэле, Валенсии, Лериде, Барселоне, на островах Майорке и Минорке. Томас Торквемада совершенствовал и совершенствовал инквизиционный процесс. Все жители Испании от мала до велика по первому звону колоколов спешили на богослужения. Общались между собой только близкие друзья. Все боялись друг друга, родители – детей, хозяева – слуг, бедные и невежественные с удовольствием доносили на богатых. В инквизицию бежали разные темные личности и ничтожества, сводя давнишние счеты с соседями, выплескивая затаенные недовольства и злобу. Инквизиторы с охотой выслушивали доносчиков и заносили все сказанное в учетные книги. Многие доносили потому, что недонесение было объявлено таким же тяжким преступлением, как и ересь. Обвиненных ждала мрачная и сырая монастырская камера в пять шагов длины и четыре ширины, половину которой занимала постель с грязной, сгнившей соломой и маленькое окошко. В этой камере находились шесть узников, мужчины не отделялись от женщин. Жалобы не разрешались. Если в камере поднимался шум, всех выгоняли в коридор и избивали. Женщинам обещали свободу и удовлетворяли свою похоть. У богатых вымогали деньги. Всякое милосердие к узнику объявлялось соучастием в преступлении. Большинство жертв быстро теряли здоровье и перед судом инквизиции представали живые мертвецы. Только полное признание справедливости обвинении могло уменьшить наказание подсудимого и к этому прибегали часто, чтобы избежать ужасов полного следствия.

      Одну и ту же пытку запрещалось применять более часа. Узника долго пытали на дыбе. Вторым испытанием была вода. Жертву клали на стол в форме корыта, покрытый гвоздями остриями сверху, крепко связывали веревками, закрывали нос и рот мокрой тряпкой и медленно лили на нее воду. Жертва захлебывалась, у нее из носа, рта и ушей шла кровь. Третьей пыткой был огонь. Ноги узника вгоняли в колодки, смазывали подошвы маслом и придвигали к огню. Кожа трескалась, кровь текла, кости обнажались.