К работам по расчистке и благоустройству водоема привлекались военнослужащие столичного гарнизона, вольнонаемные люди и крепостные крестьяне. Рабочим часто приходилось на некоторых участках русла реки засыпать пустоты в грунте и промоины. В иных местах землекопы вынимали из русла реки значительное количество грунта, достигая установленных ширины и глубины водоема. На особо заболоченных, зыбких участках почвы, плывунах, в границах утвержденного царем проекта глубины реки и ширины ее берегов перед выемкой земли требовалось укреплять болотистые места деревянными щитами, выкачивать воду и лишь после этого приступать к основным земляным работам.

      Рытье обновленного русла Мьи нередко осложнялось обнаружением в нем крупных валунов, оставшихся в этих местах после прохождения северного ледника, несшего с собой со Скандинавии песок, глину и огромные камни из кристаллических пород. Углубляя и расширяя русло реки и выравнивая ее берега, рабочие также сталкивались с оставшимися в земле огромными пнями деревьев, кои с превеликими трудностями и усилиями приходилось вручную выкорчевывать из грунта.

      Рабочий проект расчистки реки Мьи предусматривал не только прокладку более широкого и глубокого пятикилометрового городского водоема, но и основательную подсыпку вынутой из старого русла землей левого берега водной протоки для строительства на нем небольшого летнего деревянного дворца для императрицы Екатерины I.

      После смерти императора в 1725 году городское хозяйство приходило в упадок. Петербургский градоначальник Б.Х. Миних в своем докладе Сенату отмечал, что «при Фонтанной и Мье речках и при каналах сваи, доски, брусья и щиты испортило и многие погнили и землю водою вымывает, от того водоемы заносит… и речки в такую худобу приходят, что занесло вполовину, отчего проход и мелким судам весьма с трудностью...»

      Активность отцов города в делах о заботе старинной речки в начале нового XIX века еще более снизилась. В одной из газетных публикаций той поры отмечалось, что «если ранее вода в Мойке была подобна по чистоте и вкусу Невской, то столетие спустя вновь превратилась в протоку с грязной, мутной и дурно пахнущей водой». В связи с этим в 1874 году даже последовало строжайшее запрещение водовозам брать воду для питья и приготовления пищи из реки Мойки.

      До основания Санкт-Петербурга река носила ижорское название Муя («грязная»), в 1719–1797 годах водоем уже официально именовали Мьей. Современное название Мойка, вытеснившее прежнее, появилось несколько позже как переосмысленный вариант труднопроизносимого «Мья». Происхождение различных наименований реки, протекающей через центральную часть Петербурга и официально, вплоть до 1709 года, являющейся южной границей новой столицы Российской империи, имеет несколько версий, высказывавшихся в разные года столичными историками. А.И. Богданов, считавший, что «сея речка названа Мойкой