Lutero inicia su reforma en 1517, cuando hace públicas 95 tesis sobre las indulgencias de la Iglesia romana. En 1520 hará conocer algunas de sus ideas a través de sus escritos. En el opúsculo titulado Sobre la libertad del cristiano desarrolla su teoría sobre la justificación por la sola fe y las consecuencias sobre la concepción y organización de la Iglesia. Este escrito debe ser completado con otros dos — A la nobleza cristiana de la nación alemana y La cautividad de Babilonia de la Iglesia— para entender el influjo que las ideas de Lutero tuvieron en los orígenes de la Modernidad.

      El principio de la justificación por la sola fe, basándose en la afirmación paulina de que “el justo vive de la fe”, consiste en atribuir la justificación a una iniciativa de Dios, que no imputa los pecados a quien cree. Se trata de una fe fiducial, es decir una fe que es confianza en que Dios cumplirá sus promesas de salvación. La justificación luterana es externa: Dios no sana al hombre pecador, sino que lo declara justo, pues con su misericordia cubre sus pecados. De ahí que un discípulo de Lutero, Melanchton, hablara de justificación forense, (de foro, tribunal), en el que Dios no imputa los pecados de los fieles que confían en sus promesas.

      Al principio de la justificación por la sola fe hay que añadir otro principio fundamental del luteranismo: la sola Scriptura.

      Desechando muchos elementos fundamentales de la Tradición y del Magisterio, defendidos por el catolicismo, Lutero afirma que cada fiel debe leer la Sagrada Escritura, y encontrará la asistencia del Espíritu Santo para interpretarla correctamente. Si la justificación por la sola fe es el principio formal de su doctrina, la sola Scriptura o también llamado “libre examen” es su principio material. Hay que decir que bien pronto los reformados se dieron cuenta de la potencialidad anárquica de tal principio, y se tendió a establecer límites a la interpretación bíblica. Los catecismos de Lutero y algunos escritos de Calvino se transformaron en un nuevo “magisterio”, mientras que la reforma más radical, como la de los anabaptistas, aplicaron con todas sus consecuencias el principio del libre examen.

      Todo lo afirmado hasta ahora traía vastas consecuencias para la concepción luterana de la Iglesia. Ésta se transformaba en la congregación de los fieles, sin estructura jerárquica, con una vida sacramental reducida al bautismo y a la Eucaristía, y cuyo elemento definitorio es la predicación de la Palabra de Dios. Lutero niega la existencia del sacramento del orden, que es sustituido por el sacerdocio común de los fieles. El ministerio de la predicación es sólo una función de algunos fieles, especialmente dotados, pero no constituye un estado eclesiástico diverso del de los simples fieles. Todo lo cual repercute no sólo en la Iglesia sino en la sociedad civil: si en la Iglesia Católica la autoridad reside en los que han recibido el sacerdocio ministerial, Lutero, coherentemente con sus postulados, transfiere al laicado este poder. Esta transferencia comportaba un misión para los príncipes laicos: eran ellos los encargados de hacer cesar los abusos de la curia romana y reformar la Iglesia.

      En el ámbito religioso Lutero identificaba la libertad con la autonomía respecto a la autoridad eclesiástica. La negación de la autoridad jerárquica derivó en interpretaciones extremistas que llegaron, como en el caso de los anabaptistas, a negar toda autoridad en esta tierra. La revuelta campesina de 1524-1525 tiene un fondo teórico anárquico. El caos producido por estas interpretaciones extremistas obligó a Lutero a reiterar las peticiones a los príncipes alemanes para que tomasen en sus manos la situación y procedieran a la reforma de la Iglesia. En este contexto se entiende por qué Lutero llama a los príncipes “obispos por necesidad”. El exfraile agustino ve en el poder político la espada de Dios que castiga a una humanidad corrupta por el pecado. La libertad cristiana se relega a la interioridad del alma, mientras que en el obrar externo se impone la obediencia pasiva a los representantes de Dios que garantizan el orden y que gobiernan sobre las iglesias nacionales sometidas al poder político. Se ve en esta concepción un claro voluntarismo. Lutero, que se considera discípulo de Ockham, rechaza el derecho natural, ya que la naturaleza humana no puede erigirse en norma moral después del pecado, pues ha quedado irremediablemente corrompida. Así, sólo queda en pie la voluntad divina, que en este mundo obra a través de los príncipes laicos. Se establecía en consecuencia una doble moral: el Sermón de la Montaña pertenecía al ámbito del reino espiritual, en el que Dios gobierna con su misericordia, pero en el reino de este mundo Dios gobierna a través de la espada del príncipe. El cristiano debe someterse a la espada, cumpliendo así la voluntad de Dios.

Como señala Gonzalo Redondo, la consecuencia última de esta posición política de Lutero fue el restringir el principio del libre examen sólo a los príncipes. Esto fue un paso decisivo para la consolidación del poder absoluto de las monarquías modernas.