Опираясь на естественно-научные идеи, Ньютон подверг хронологию древности значительному преобразованию. Некоторые (немногие) события он удревнил. Это относится, например, к легендарному походу аргонавтов. Ньютон пришел к выводу, что поход этот состоялся не в X веке до н. э. (как считали историки его времени), а в XIV веке до н. э. Впрочем, датировка этого события расплывчата и в позднейших исследованиях других авторов по хронологии.

      В целом хронология Ньютона существенно короче скалигеровской, принятой сегодня. Большинство событий, датируемых ранее эпохи Александра Македонского, Ньютон передвинул вверх, в сторону «омоложения», то есть ближе к нашему времени. Однако его ревизия не столь радикальна, как в трудах Н. А. Морозова, который считал, что древняя хронология является достоверной лишь начиная с IV века н. э. Отметим, что Ньютон в своих хронологических исследованиях не продвинулся выше начала н. э.

      Сравнивая выводы Ньютона с принятой сегодня скалигеровской версией хронологии, современные комментаторы неизбежно приходят к мысли, что Ньютон ошибался. Вот принятая сегодня точка зрения на этот счет: «Не имея расшифровки клинописи и иероглифов, не имея данных археологии, тогда еще не существовавшей, скованный презумпцией достоверности библейской хронологии и верой в реальность того, что рассказывалось в мифах, Ньютон ошибался не на десятки и даже не на сотни лет, а на тысячелетия, и его хронология далека от истины даже в том, что касается самой реальности некоторых событий. В. Уинстон писал в своих воспоминаниях: «Сэр Исаак в области математики нередко прозревал истину только путем интуиции, даже без доказательств… Но этот же сэр Исаак Ньютон составил хронологию… Однако эта хронология убеждает не больше, чем остроумный исторический роман, как я окончательно доказал в написанном мной опровержении