А через три года после написания сценариев к двум фильмам Юрий Павлович завершил работу над повестью «Подполковник медицинской службы». Это повесть о врачах, однако в ней была некая особенность – главный герой по национальности был не русский, не украинец или осетин, а почему-то еврей. То ли Юрий Герман решил, что теперь ему все можно, то ли просто надумал отразить реальную ситуацию в отечественной медицине, где евреев было очень много – напомню про запрет для русских на поступление в медицинские вузы, который был установлен в 20-е годы, надо полагать, не без участия Льва Троцкого. Впрочем, Алексей Герман утверждал, что отец написал повесть на пари, чтобы доказать, что «никакого антисемитизма в стране нет». На мой взгляд, такое может прийти в голову только спьяну, да и время было выбрано не самое удачное, поскольку как раз начался процесс над «врачами-убийцами». Трудно поверить, что Герман не читал газет, однако завершенная повесть сама просилась на страницы журнала. Начало было уже напечатано в «Звезде», вот тут-то и возникли новые проблемы:

      «Попал папа и в кампанию против космополитов. Он был убежден в том, что антисемитизм придумали враги СССР, и написал повесть «Подполковник медицинской службы», главный герой которой был врач-еврей Александр Маркович Левин. За это папе быстро наклеили ярлык «оруженосца космополитизма», и даже Сталинская премия за фильм «Пирогов» не спасала. Договора расторгались, авансы взыскивались, зимние вещи отдавались в ломбард».