Группа солдат внутренних войск ввиду своей малочисленности не смогла блокировать толпу, и дома турок в Комсомольском были разгромлены и сожжены. Часть погромщиков вернулась в Ташлак, где продолжила нападения на турок, тогда и произошли первые убийства. Бежавшие от погромщиков турки собирались под охраной милиции в здании райкома партии. К вечеру толпа численностью 300–400 человек учинила погромы и поджоги домов турок в Маргилане. Одновременно поступили также сообщения о нападениях на турок в Фергане.

      4.06.1989. С утра 4 июня специально выделенные автобусы в Ташлаке до полудня собирали и свозили турок в здание райкома, где к тому времени собралось более 500 человек. В ночь с 3 на 4 июня в Фергану стали прибывать подразделения ВВ МВД СССР. С утра нападения на турок и поджоги возобновились в Фергане, Маргилане и Ташлаке. Погромы начались в других местах, где проживали турки. Толпа требовала освобождения тех, кого милиция задержала накануне, и выдачи турок на расправу.

      В результате нападению и частичному разгрому подверглись здания Ташлакского районного комитета Компартии Узбекистана и Ташлакского РОВД. После того как милиции удалось очистить помещение РОВД от погромщиков, толпа в течение 4 часов держала здание в осаде. Получили ранения 15 сотрудников милиции, позже один из них скончался.

      В тот же день был принят Указ Президиума Верховного Совета Узбекской ССР о введении 4 июня комендантского часа в ряде районов Ферганской области. В Маргилане продолжались беспорядки. Утром 4 июня собрался митинг у кинотеатра «Увайсий», по требованию толпы выступила первый секретарь горкома партии Х. Ю. Мухитдинова. Ее призывы к спокойствию услышаны не были. Мало того, активисты митинга предъявили ультиматум: выдать турок из здания горкома, отпустить задержанных накануне участников беспорядков и не мешать расправе с турками. Во второй половине дня толпа обыскала Маргиланский горком, но турок оттуда уже успели эвакуировать.

      Обстановка в Фергане 4 июня была крайне напряженной: с утра в центре города собирались возбужденные толпы молодых людей, вооруженных палками и арматурой, которые били машины и киоски. Милиции нигде в городе не было видно, так же, как и на следующий день. Толпа окружила здание обкома, пыталась прорвать оцепление, бросала камни. Небольшой группе удалось проникнуть в здание. Днем толпа в 200–300 человек поджигала турецкие дома около аэропорта. К вечеру обстановка еще более