Главный дворец фараона располагался по обеим сторонам Дороги царей. Вдоль ее западной стороны лежала официальная половина дворца, вдоль восточной – жилая, к последней примыкало дворцовое святилище Атона.

      Обе части дворца были окружены толстыми кирпичными стенами. Соединялись они крытым мостом, перекинутым через Дорогу царей. Мост имел три пролета: средний широкий для проезда колесниц и передвижения воинских отрядов и два боковых – для пешеходов. В центре крытого перехода было «окно явлений» – декоративно оформленный проем, в котором фараон и его семья периодически показывались народу, раздавая милости.

      К жилой части дворца тремя террасами поднимался от Нила великолепный парк с плодовыми деревьями, цветочными клумбами, прудом и многочисленными павильонами. Финиковые пальмы различных пород были высажены правильными рядами вокруг прямоугольных водоемов. Ряды пальм прерывали беседки, увитые виноградными лозами.

      В парадный зал жилой части дворца можно было войти с верхней террасы парка. Здесь стояли сорок две колонны в виде пальм. Они были украшены фаянсовыми вставками – в нижней части коричневого цвета, в верхней – зеленого.

      Была здесь и особая трапезная, куда могли войти только представители царской фамилии. У Эхнатона и Нефертити было шесть дочерей. По именам мы знаем трех старших. Первая дочь Меритатон вышла замуж за юношу неизвестного нам происхождения по имени Сменхкара (Эхнатон назначил его своим наследником, но Сменхкара умер почти одновременно с фараоном-реформатором). Вторая дочь Макетатон умерла в Ахетатоне при родителях. Третья дочь Анхесенпаатон вышла замуж за молодого человека тоже неизвестного нам происхождения Тутанхатона (он же знаменитый фараон Тутанхамон). В Сменхкаре и Тутанхамоне ряд ученых видят либо сыновей Эхнатона от других жен, либо его племянников. Гарем у Эхнатона был относительно небольшой. Но среди других его жен со временем выделилась некая Кийа. Она оказалась счастливой соперницей Нефертити, с которой Эхнатон негласно развелся. Поскольку между фараоном и царицей оставались дружественные отношения и Кийа не могла стать царицей при жизни Нефертити, то она была провозглашена… фараоном (!). Женщина-фараон по своему положению стояла выше царицы, но Кийа этим превосходством ни разу не воспользовалась.

      Помимо Главного дворца в Ахетатоне были возведены еще два – Северный и Южный.

      Южный дворец был предназначен для увеселений. Посреди его огромного сада был вырыт прямоугольный пруд (сохранившийся до наших дней. К середине пруда шла каменная дамба, являвшаяся причалом для прогулочных судов.

      По саду были разбросаны многочисленные