Родился в Калишской губернии (Польша), среднее образование получил в Петрокове. После польского восстания (1863) эмигрировал в Германию. Окончил медицинский факультет Берлинского университета в 1870 году. После окончания университета работал в должности химика в Институте патологии в Берне (Швейцария). В 1877 году избран заведующим и профессором вновь организованной кафедры физиологической химии Бернского университета. В 1891 году Ненцкий был приглашен в ИЭМ в Петербурге на должность заведующего химическим отделом. Здесь он работал до своей смерти.

      В ИЭМ Ненцкий работал в тесном контакте с Павловым и выполнил совместно с ним ряд исследований и среди них изучение роли печени в образовании мочевины и химизм этого процесса. В этом исследовании были подтверждены первоначальные выводы Ненцкого, полученные им в одном из первых его исследований. Сотрудничество с Павловым обогатило творческую деятельность Ненцкого новым экспериментальным подходом к разрешению проблем физиологической химии.

      Ненцкий внес существенный вклад в изучение биохимической роли различных органических соединений в животном организме. Хорошо известны работы Ненцкого по изучению небелковой части гемоглобина (гема) и его производных. Ненцким и его сотрудниками было доказано химическое сродство гемоглобина и хлорофилла. Ненцкий выдвинул взгляд на белковую природу ферментов задолго до общего признания этого положения в биохимии. Большинство выдающихся исследований Ненцкого имело не только теоретическое значение, но и большую практическую ценность. Некоторые из них оказали большую помощь сельскому хозяйству и практической медицине.

      Ненцкий оставил после себя большое