В условиях войны в неоднозначном положении оказалось и 3-е (контрразведывательное) Управление НКО СССР, и его структурные подразделения. Выйдя накануне войны из подчинения НКВД и попав под юрисдикцию Наркомата обороны, в армейской среде вчерашние особисты чувствовали себя чужими и оторванными от ранее регулярно поступавшей из территориальных органов госбезопасности агентурно-оперативной информации. В армии не забылись и события тридцатых годов с участием НКВД. Не менее остро ощущалась потребность в нормативно-правовой базе, регламентирующей их функции и задачи. Не хватало и подготовленных оперативных кадров.

      «Военная контрразведка, – писал П. Судоплатов, касаясь вопросов ее деятельности в предвоенный период, – сама по себе работать самостоятельно не могла. Почему? У нее не было своих следственных изоляторов и оперативно-технической поддержки. Для успешной работы она должна была заимствовать подразделения наружного наблюдения, оперативного и слухового контроля. Она имела весьма и весьма ограниченную базу. Вместе с тем, выделение военной контрразведки (из структуры НКВД. – Авт.) вскрыло необходимость дополнительных инструкций, нормативных актов о порядке взаимодействия всех оперативных служб органов госбезопасности. К сожалению, сделать это до войны не удалось».

      27 июня 1941 г. начальник Управления А. Михеев в директиве «О работе органов 3-го Управления НКО в военное время» писал: «Всем начальникам 3-х отделов военных округов, фронтов, армий, корпусов, начальникам 3-х отделений дивизий. В соответствии с требованиями, вызванными обстановкой военного времени, задачи, определенные постановлением правительства от 8 февраля 1941 г. и Положением о Третьем управлении НКО, требуют усиления агентурно-оперативной работы … Впредь до получения Положения о работе органов Третьего управления НКО СССР в военное время, руководствоваться следующим…». Задачи подчиненных органов он определил лишь несколькими позициями: агентурно-оперативная работа в частях Красной Армии, прифронтовых районах и среди населения; борьба с дезертирами; контрразведывательная работа на территории противника.

      «Не так, как должны и как могли, оказались подготовленными к ожидаемой войне не только Вооруженные Силы, но и наши спецслужбы, – отмечал в свою очередь в работе «Советская разведка и контрразведка в годы Великой Отечественной войны» профессор В. В. Коровин. – В первой военной директиве Третьего, контрразведывательного Управления НКО от 22 июня 1941 года не указывается противник, не ставится задача выявления его агентуры, а основное внимание уделяется обнаружению антисоветских элементов в Красной Армии. А когда читаешь доведенную до сведения всего оперативного и руководящего состава военной контрразведки директиву от 27 июня 1941 года, то складывается впечатление, что это не разработанная на пятый день войны инструкция к действию, а ранее подготовленный мобилизационный документ, не