Функции и задачи вновь образованного контрразведывательного органа ГКО определил следующим образом: «Решительная борьба с шпионажем и предательством в частях Красной Армии, ликвидация дезертирства в прифронтовой полосе». В приказе по НКВД Л. Берия не только уточнил, но и несколько их расширил, прежде всего – в борьбе с предателями, диверсантами, паникерами и дезорганизаторами тыла. Особые отделы наделялись правом ареста дезертиров, «а в необходимых случаях и их расстрела на месте». Из состава внутренних войск в их распоряжение выделялись вооруженные подразделения[63]. Начальникам войск НКВД по охране тыла фронтов предписывалось «иметь прямую связь с Особыми отделами и оказывать им всяческую поддержку».

      Начавшись с особых отделов, реформирование советских спецслужб 20 июля 1941 г. закончилось очередным слиянием НКГБ и НКВД в единый Наркомат внутренних дел. Лаврентий Берия вернул себе предыдущий пост. Вчерашний нарком госбезопасности В. Н. Меркулов стал его заместителем. Тогда же (31 июля) была объявлена и структура нового центрального силового органа. Среди оперативно-чекистских управлений значились: I управление – разведка за границей; II – контрразведка; III – секретно-политическое; Управление ОО; Транспортное управление; Экономическое управление и ряд других.

      В развитие постановления ЦК ВКП(б) от 18 июля «Об организации борьбы в тылу германских войск» для развертывания и руководства разведывательно-диверсионными формированиями НКВД в тылу противника в октябре 1941 г. в структуре Наркомата появился 2-й отдел, начальником которого стал старший майор ГБ П. А. Судоплатов, до этого руководитель Особой группы при наркоме с теми же задачами. В январе 1942 г. на его базе было образовано 4-е Управление НКВД СССР (разведка, террор и диверсии в тылу противника). Руководство при этом не поменялось. Тогда же 3-е Управление Наркомата ВМФ стало отделом морской контрразведки в составе УОО союзного