Генерал Обручев остался очень доволен видами Аральского моря, сделанными Шевченко. Пользуясь этим, Бутаков стал хлопотать о производстве художника в унтер-офицеры, что способствовало бы значительному улучшению участи ссыльного. Кроме того, находясь в Петербурге, Бутаков, по его словам, «двинул всех знакомых дам, чтобы они просили о Шевченко».

      Однако результаты получились совершенно неожиданные. Кто-то написал в Петербург донос о том, что ссыльному Шевченко, вопреки распоряжению свыше, разрешили рисовать. В апреле 1850 г. у поэта был произведен обыск. В результате Шевченко был арестован и по этапу отправлен в Орск, причем ему было воспрещено не только писать или рисовать, но даже иметь при себе чернила, перья, карандаш, бумагу. В октябре 1850 г. поэт был сослан в Александровский форт (ныне Форт-Шевченко) на восточном берегу Каспийского моря.

      Но и Бутакова ждали большие неприятности. В Центральном военно-морском архиве в Петербурге, в фондах Морского инспекторского департамента, хранится секретное письмо военного министра князя А. Чернышева от 4 декабря 1850 г. на имя начальника Морского штаба адмирала князя А.С. Меншикова «о взыскании с капитан-лейтенанта Бутакова за упущение по наблюдению за рядовым Шевченко».

      В 1850 г. Бутаков вернулся с Аральского моря в Петербург и был командирован в Швецию для заказа двух железных судов для Аральской флотилии; в 1852 г. эти пароходы – «Перовский» и «Обручев» – были доставлены в разобранном виде Бутаковым в Раим и в следующем году спущены на воду. Летом 1853 г., находясь на пароходе «Перовский», Бутаков отличился при взятии кокандской крепости Ак-мечеть. Осенью 1854 г. перенес Аральскую верфь в форт № 1 (Казалинск). В 1855 г. сделал опись Сыр-Дарьи от Кумсуата, на 85 км выше Перовска (ныне Кзыл-орда). В этом же году произведен в капитаны 2-го ранга, а в следующем – в капитаны 1-го ранга. Летом 1858 г. плавал с судами Аральской флотилии по Аму-Дарье до Кунграда для содействия посольству в Хиву. В 1859 г. с десантом в 140 человек производил военные действия у Кунграда. Затем, доставив десант обратно в Казалинск, снова на пароходе «Обручев» вернулся в дельту Аму и произвел ее опись вплоть до Нукуса. 1 января 1860 г. был вызван в Петербург и командирован в Англию и Соединенные Штаты для заказа двух железных пароходов. В 1861 г. пароходы «Арал» и «Сыр-Дарья» были доставлены Бутаковым в Казалинск и в 1862 г. спущены на воду. Летом 1863 г. производил опись р. Сырдарьи от Перовска до урочища Баилдыр-тугай на протяжении 807 верст.

      В августе 1863 г. Бутаков был переведен на Балтийский флот и 25 февраля 1864 г. переехал в Петербург после 15-летнего служения в Приаральском крае. За свою службу 19 апреля того же года произведен в контр-адмиралы. Дальнейшая деятельность Бутакова протекала в плаваниях по Балтийскому морю.

      Осенью