Мста берёт начало из озера Мстино, вытекая из-под Мстинской плотины (к северу от Вышнего Волочка), впадает в озеро Ильмень с северной стороны озера, недалеко от истока реки Волхов, образуя на Приильменской низменности обширную заболоченную дельту.

      Крупные притоки, – Березайка, Шегринка, Перетна, Льняная, Холова (левые); Уверь, Белая, Мда, Хуба (правые).

      В верховьях Мста довольно извилистая река, ширина 40—50 метров, после впадения крупных притоков Березайки и Увери ширина увеличивается до 70—80 метров. В среднем течении, между Опеченским Посадом и Боровичами река преодолевает весьма серьёзные для средней полосы России Боровичские пороги, которые в старину представляли большую помеху для кораблей, а сейчас очень популярны у водных туристов. На тридцатикилометровом участке падение реки здесь 70 метров, что составляет больше половины общего падения Мсты. Самые крупные пороги – Малый, Большой, Ровненский (Лестница), Ёгла, Углинский.

      В нижнем течении река выходит на равнину и успокаивается. Ширина составляет около 100 метров, на протяжении последних 50 километров Мста ещё расширяется и становится судоходной. Нижнее течение реки Мста соединено с рекой Волхов Сиверсовым каналом и с рекой Вишера – Вишерским каналом.

      С древних времён Мста на всём своем протяжении являлась частью важного водного пути из Волги в озеро Ильмень и Великий Новгород, а позднее в Санкт-Петербург. Боровичские пороги преодолевались либо проводкой, либо с помощью обходного пути, позволявшего их избежать – притоки Уверь, Удина, цепочка озёр к северу от Боровичей и волок назад в Мсту (называвшийся Нижним волоком, в отличие от Верхнего волока из Тверцы в Цну возле Вышнего Волочка). Волок