Троицкая братия враждебно отнеслась к Опричнине. Почувствовав это, Иоанн IV стал проявлять заметную холодность к нуждам монастыря, что отразилось на темпах строительства Успенского собора, которое велось в основном за счет средств, отпускаемых из царской казны. Строительство соборного храма продолжалось двадцать шесть лет и было завершено лишь по смерти Грозного [23, с. 6]. Среди братии Троице-Сергиева монастыря находилось несколько опальных бояр, которых по приказу Иоанна IV лишили имущества и постригли в монашество. Таким образом в 1565 г. в числе троицких иноков оказался родоначальник княжеского рода Куракиных, боярин Иван Андреевич [105, с. 89]. В число опальных людей попал также троицкий старец келарь Дорофей Курцев, который был в 1570 г. предан по приказу Грозного на растерзание медведю в Александровской слободе [31, с. 109].

      Но ни жестокости Опричнины, ни решение Земского собора 1566 г. продолжать войну на западных границах не смогли изменить ход Ливонской войны в пользу Москвы. По перемирию 1582 г. русский царь был вынужден отказаться от всех завоеваний, а на следующий год уступил Швеции побережье Финского залива. Однако успехом, озарившим конец царствования Иоанна IV, стало завоевание Ермаком Западной Сибири.

      После смерти Иоанна Грозного в 1584 г. на престол вступил его сын Феодор.

      Троице-Сергиева обитель в Смутное время 

      События, предшествовавшие осаде монастыря

      Сын Грозного, Феодор Иоаннович, вступил на царский престол в совершеннолетнем возрасте, но был «младенцем по способностям» [100, с. 227] и поэтому нуждался в регентстве. Умело используя взаимные противоречия московских бояр, Борис Годунов при поддержке сестры-царицы устранил всех своих конкурентов и в 1587 г. стал фактически править государством, пользуясь положением царского шурина. Четырнадцатилетнее царствование Феодора было для Руси временем умиротворения и отдыха от погромов Опричнины и разорительной Ливонской войны. Осторожный и умный Борис Годунов, обладавший большими способностями, успешно правил государственными делами. Выждав удобный момент, он в 1590 г. начал войну со Швецией, в результате которой отвоевал русские города Корелу, Иван-город, Ям, Копорье и другие, потерянные при Грозном [60, с. 120]. При Борисе активизируются дипломатические отношения Русского государства с Англией, Францией, Германией и Данией.