Kamicę pęcherzową wywołują bakterie, a przyczynia się do niej brak higieny. To nieprawda, że mocz jest z natury brudny. W normalnych okolicznościach żółta ciecz, od swojego źródła w nerkach do opuszczenia organizmu przez cewkę moczową, jest całkowicie wolna od zarazków. Bakterie w moczu nie są normalnym zjawiskiem. Powodują pojawienie się ropy i krwi w pęcherzu, przez co powstaje osad, łączący się w grudki, które na początku nie wywołują żadnych objawów, jeśli są tak małe, że można je wydalić z moczem.

      Po kilku kolejnych infekcjach pęcherza grudki stają się jednak duże i nie mogą przedostać się przez cewkę. Tak powstaje kamień w pęcherzu. A kiedy już powstanie, przyczynia się do następnych zapaleń pęcherza. Nie można się go pozbyć, w dodatku z każdą infekcją staje się większy. Kamienie pęcherza składają się z wyraźnych warstw, jak cebula.

      Dlaczego w XVII wieku ludzie tak łatwo zapadali na kamicę pęcherzową, a teraz na to nie chorują? Domy w Amsterdamie były zimne, wilgotne i pełne przeciągów. Wiatr wiał przez szpary w oknach, ceglane ściany były zawsze trochę mokre, a śnieg przedostawał się przez drzwi do środka. Nie można było temu zaradzić paleniem w kominkach. Nasi przodkowie nosili zawsze ciepłe ubrania, dzień i noc. Portrety Rembrandta przedstawiają ludzi w futrach i czapkach. Holendrzy żyli w XVII wieku jak Eskimosi i nie dysponowali codziennie wielką wanną z czystą wodą. Amsterdamskie kanały były zanieczyszczone ściekami, pływały w nich martwe szczury, ludzkie odchody, a garbarze, piwowarzy i farbiarze wyrzucali do wody odpady chemiczne. Kanały w dzielnicy Jordaan były przedłużeniem kilku błotnistych rowów z okolicznych łąk, przez co krowi nawóz spływał powoli w kierunku rzeki Amstel. Tutaj nie można było wziąć porządnej kąpieli ani wyprać bielizny, a papier toaletowy jeszcze nie istniał.

      U grubo odzianych ludzi pachwiny, rowek między pośladkami i okolice łonowe były więc zwykle brudne. Cewka moczowa stanowiła zaledwie drobną przeszkodę dla bakterii w dostaniu się do pęcherza. Najlepszym środkiem na taki atak z zewnątrz jest częste oddawanie moczu, żeby wypłukać bakterie z pęcherza. W tym celu trzeba dużo pić, ale i z tym były problemy. Woda z pompy nie nadawała się do spożycia. Najbezpieczniejszym sposobem nawodnienia organizmu było ugotowanie zupy. Również wino, ocet i piwo się nie psuły. Szacuje się, że około 1600 roku Holender wypijał dziennie litr piwa, jednak nie dotyczyło to dzieci. Zapalenie pęcherza występowało już w wieku dziecięcym i w ten sposób kamienie miały dużo czasu, żeby rosnąć.

      Zapalenie pęcherza objawia się trzema uciążliwymi dolegliwościami: częstym oddawaniem moczu, towarzyszącym temu bólem i ciągłym uczuciem parcia na pęcherz. Tulp opisał operację Jana jako niesłychany wyczyn, co znaczy, że musiał on strasznie cierpieć, skoro odważył się na rozcięcie własnego ciała. Kto wie, jakie jeszcze dolegliwości odczuwał poza zwykłymi objawami zapalenia pęcherza. Może doprowadzały go do szału…

      Przy ujściu pęcherza, w dolnej części cewki moczowej, znajduje się receptor ucisku. Pobudzenie tego obszaru przez pełny pęcherz powoduje wrażenie potrzeby oddania moczu. Kamień leżący na dnie pęcherza także może uciskać tę część, przez co ciągle odczuwa się taką potrzebę, niezależnie od tego, czy pęcherz jest pełny, czy nie. A jeśli próbuje się oddać mocz, kamień zamyka ujście cewki i nie pozwala na jego wydalenie. Przy tym kamień jeszcze mocniej uciska receptor, przez co potrzeba oddania moczu staje się jeszcze silniejsza. Jeszcze większy ucisk, jeszcze mniej moczu, jeszcze większe podrażnienie, jeszcze większa potrzeba i tak w kółko, można od tego zwariować. Wiadomo, że cesarz Tyberiusz stosował torturę polegającą na zaciskaniu penisa, co daje podobne objawy. Jeśli cierpi się tak dzień i noc, z pełnym pęcherzem i z pustym pęcherzem, czterdziestoprocentowe ryzyko śmierci staje się całkowicie obojętne.

      Osobom, które nigdy nie miały kamienia pęcherza, trudno sobie wyobrazić, gdzie trzeba ciąć, żeby go usunąć. Blokuje on ujście pęcherza do cewki moczowej, a pod naciskiem moczu przesuwa się na dół, więc Jan de Doot dokładnie czuł, w którym miejscu należy rozciąć skórę: między moszną a odbytem. Ten obszar nazywany jest perineum, kroczem. Jeśli jednak ktoś zna anatomię ludzkiego ciała, nigdy nie zaczyna ciąć w tym miejscu. Naczynia krwionośne i mięśnie zwieracza leżą bardzo blisko. Do pęcherza łatwiej się dostać od góry, ale tam z kolei niebezpiecznie blisko leży brzuch z jelitami. Wycinacze kamieni nie znali anatomii, byli sprytnymi ludźmi, tyle że bez wystarczającej wiedzy, rozcinali więc krocze tuż przy kamieniu, nie licząc się z konsekwencjami uszkodzenia funkcji pęcherza. Większość pacjentów, którzy przeżyli zabieg, nie mogła kontrolować oddawania moczu.

      W czasach Jana de Doota były dwa sposoby usuwania kamienia. Znano operację mniejszą, z użyciem apparatus minor – niewielu narzędzi – i operację większą, z użyciem apparatus maior – większej liczby narzędzi. Operacja mniejsza została opisana po raz pierwszy przez rzymskiego encyklopedystę Aulusa Corneliusa Celsusa, ale już wtedy znana była od dawna. Jej zasada jest prosta. Pacjent leżał na plecach z nogami uniesionymi do góry – pozycja ta do tej pory nosi nazwę pozycji litotomijnej. Wycinacz wkładał palec wskazujący lewej ręki do odbytu pacjenta. W ten sposób można przez odbytnicę poczuć z przodu, gdzie znajduje się kamień w pęcherzu. Potem palcem przeciągał go w kierunku krocza. Pacjent lub ktoś inny podtrzymywał worek mosznowy, a wycinacz robił nacięcie od odbytnicy do moszny, aż do kamienia. Następnie pacjent musiał go wyprzeć. Można mu było pomóc, naciskając brzuch, albo wycinacz wyciągał kamień specjalnym hakiem. Jeśli wszystko się powiodło, trzeba było jeszcze uratować pacjenta przed wykrwawieniem się na śmierć, zaciskając mocno ranę, tak długo jak to tylko możliwe.

      Była to interwencja możliwa tylko u mężczyzn, i to mniej więcej do wieku czterdziestu lat. Wtedy bowiem pęcznieje gruczoł, który przeszkadza w wycięciu kamienia.